理解单细胞数据的本质，一个matrix，以及行与列的annotation。

 

一个最不友好的格式就是loom，只能用python来读取，存储为CSV。

project/scPipeline/public/Linnarsson_2020_developing_mouse_brain/getData_from_loom.ipynb

 

其次就是scanpy的adata，也需要特殊的python来导出到R。

参考：scanpy结果转为seurat可处理对象

project/Data_center/analysis/ApcKO_multiomics/Allen_MIRA.ipynb#

 

 

 

R和python的版本重大升级真TM恶心

之前的项目还在进行，没法全部重新安装，否则结果可能无法重现

不装新的版本，最新的功能又无法使用，真TM操蛋！

旧版本总有死掉的那一天，更新的最佳契机就是换设备

 

 

一个最基本的问题，生信工具要不要用最新的版本？

永恒的痛苦抉择！

 

 

 

待续~

 

转载请注明出处:http://www.dannyxu.com/article/20230526/753452.html

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